520後，政府成立了幾個新機關，例如不當黨產委員會、毒物化學局，當然也拒絕了設置幾個在野黨建議的組織，例如比照國家通訊傳播委員會位階的電業管制機關。執政黨時以中央行政機關組織基本法為由，表示成立新機關有困難，卻又強勢通過設置兩個新機關。在野黨亦常以黑機關對新政府成立新機關表達不滿，卻又在某些法案審議中，要求政府成立新的行政機關。執政、在野時而贊成，時而反對，但雙方贊成、反對的理由卻又相同，只是隨著不同議案、目標而改變，著實讓人不解兩黨的根本價值、主張的差異。

    中央政府成立新組織必須滿足三個條件：第一、滿足中央行政機關組織基本法對於機關總數的限制。第二、立法院三讀通過該組織之組織法。第三、組織編列預算並經立法院審議通過。滿足上述三個條件，才得以為依法成立之正式機關。

    由於中央行政機關組織基本法將我國各級機關數額制定過於僵化，使得部分機關即便通過機關組織法，亦無法滿足中央行政機關組織基本法之限制，就法理面來說仍應被視為黑機關，例如不當黨產委員會與毒物化學局，但很遺憾的是這兩個機關卻已編列預算與各類職位之員額數。

    此外，另一種極端是符合中央行政機關組織基本法，也有組織法，但預算被刪至一元。通常這種極端現象都是因為政治對立，或是因為某種意識型態所導致，象徵意義大過於實質意義。倘若真的有心廢除機關組織，還是會尋求廢止組織法的方式為之。因為就制度面而言，單位預算不可以為零，最少都要有一元。

    由於近來政府推動組織再造，許多任務編組的單位與體制內單位使用近似名稱，而屢屢遭受外界誤解，而不知如何分辨其位階。例如，年金改革委員會即是一例。此次年金國是會議、分區座談會、委員會議都是由總統府下設之年金改革委員會所負責召開。然而，年金改革委員會並沒有組織法、預算等，雖設有專職人員，但也僅是調任其他單位人員暫行其事，其預算係由總統府之預算轉編支應。因此，其位階不若國家通訊傳播委員會或是不當黨產處理委員會，有獨立的組織法、預算、編制人員等，充其量僅是總統府下之幕僚諮詢單位，卻利用名稱來混淆該委員會的實際影響力。
    其實，在中央行政機關組織基本法已詳載各級機關之定名方式、數量、官職、員額等，清楚界定機關成立的規則。但由於我國當前政治風氣，甚少有政黨或是政治人物通盤考量國家長遠之行政組織架構，故使得中央行政機關組織基本法逐漸流於形式上之規範，而無實質意義。而新組織之命名方式，亦常為了滿足短暫需求而沒有通盤性原則。最明顯的例子就是新成立的毒物化學局，只處理衛福部權責相關的食安毒害事件，而不處理法務部職責相關的新興毒品分子研究分析等，造成類似組織分散於各部會，完全失去精簡組織之本意，而新組織亦是空有響亮名稱而無創新功能。

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